S účinností od 1. 1. 2015 bylo do zákona o daních z příjmů doplněno speciální ustanovení o pokutě za opožděné tvrzení daně. Podle tohoto ustanovení se sníží pokuta za opožděné podání přiznání k dani z příjmů fyzických osob na desetinu, pokud dílčí základ daně z příjmů ze závislé činnosti tvoří více než 50 % celkového základu daně a plátce daně z těchto příjmů sráží zálohu na daň.

Dle přechodných ustanovení zákona, který toto speciální ustanovení o pokutě za opožděné tvrzení daně přinesl, se mělo toto ustanovení aplikovat až na daňové povinnosti vzniklé po nabytí účinnosti tohoto zákona. Nejvyšší správní soud ve svém nedávném rozsudku do této problematiky vnesl nový názor, když se zabýval možnou výší pokuty, která se sice týkala daňových povinností vzniklých před účinností daného ustanovení, avšak pokuta byla finančním úřadem předepsána až po nabytí účinnosti zákona.

V návaznosti na ustálenou judikaturu z posledních let považuje Nejvyšší správní soud pokutu za opožděné tvrzení daně za sankci za veřejnoprávní (správní, resp. finanční) delikt a dále ve svém rozsudku dospěl k závěru, že na tuto pokutu je nutné nahlížet jako na trestní sankci ve smyslu čl. 6 a 7 Úmluvy o ochraně lidských práv a základních svobod (resp. čl. 40 odst. 6 Listiny základních práv a svobod). V čl. 40 odst. 6 Listiny je totiž stanoveno: „Trestnost činu se posuzuje a trest se ukládá podle zákona účinného v době, kdy byl čin spáchán. Pozdějšího zákona se použije, jestliže je to pro pachatele příznivější.“ V návaznosti na výše uvedené rozhodl Nejvyšší správní soud tak, že finanční správa nepostupovala v souladu s ústavně konformním výkladem, pokud v daném případě nesnížila pokutu na desetinu. Tímto byl překonán okamžik aplikovatelnosti zvláštního ustanovení o pokutě za opožděné tvrzení stanovený v přechodných ustanovení zákona, a proto lze toto zvláštní ustanovení použít i pro pokuty předepsané v současnosti (resp. po 1. 1. 2015) v důsledku opožděných podání daňových tvrzeních za zdaňovací období předcházející roku 2015.