Die Abrechnung der Einkommensteuer für das Jahr 2018 muss seitens des Steuerzahlers innerhalb von zwei Monaten nach dem Ablauf des Kalenderjahres, d.h. bis zum 1. März 2019, eingereicht werden. Wenn der Steuerzahler die Abrechnung auf elektronischem Wege einreicht, wird die Frist für die Einreichung bis zum 20. März 2019 verlängert. Die Abrechnung wird mittels des Formulars „Abrechnung der Einkommensteuer aus nichtselbständiger Tätigkeit“ durchgeführt. Zur Abrechnung muss die obligatorische Anlage „Anzahl der Arbeitnehmer zum 1. 12. 2018“ beigefügt werden. Eine weitere obligatorische Anlage für die Steuerzahler, die steuerlich Nicht-Ansässige beschäftigt haben, ist die „Übersicht der zusammenfassenden in die Lohnzettel eingetragenen Angaben der Steuerpflichtigen, die unter § 2 Abs. 3 des tschechischen Einkommensteuergesetzes angeführt sind.“ 

Die Frist für die Einreichung der Abrechnung der Quellensteuer ist durch keine Bestimmungen des tschechischen Einkommensteuergesetzes geregelt, daher gilt die allgemeine Bestimmung der tschechischen Abgabenordnung, in der angeführt ist, dass die Abrechnung innerhalb von drei (3) Monaten nach dem Ablauf des Kalenderjahres eingereicht wird. Wenn mit der Abrechnung auch die Verpflichtung, die Steuer abzuführen, verbunden ist, ist die Steuer am letzten Tag der für die Einreichung der Abrechnung bestimmten Frist fällig. Die Frist für die Einreichung der Abrechnung der Quellensteuer für das Jahr 2018 läuft daher am 1. April 2019 aus, und die Abrechnung muss mittels des Formulars „Abrechnung der Quellensteuer nach einem Sondersatz der Einkommen- oder der Körperschaftsteuer“ eingereicht werden. 

In beiden Fällen wird die Steuerabrechnung auch dann eingereicht, wenn dort ein Null-Betrag ist, solange der Steuerzahler registriert ist. Wenn der Steuerzahler eine Daten-Box besitzt, muss die Abrechnung elektronisch im vorgeschriebenen Format eingereicht werden. Die Verpflichtung, die Abrechnung der Einkommensteuer aus nichtselbständiger Tätigkeit elektronisch einzureichen (bis auf eine kleine Ausnahme), hat auch der Steuerzahler, der steuerlich nicht Ansässige beschäftigt hat.