Dnem 1.1.2011 nabyl účinností nový zákon upravující správu daní – zákon č. 280/2009 Sb., daňový řád, v platném znění. Zákon č. 337/1992 Sb., o správě daní a poplatků, který upravoval průběh daňového řízení do účinnosti daňového řádu se již nepoužije (až na výjimky stanovené v přechodných ustanoveních daňového řádu). Spolu se zrušením zákona o správě daní a poplatků došlo pokynem Ministerstva financí ČR č. D-345 ke zrušení některých pokynů řady D, které byly k zákonu o správě daní a poplatků vydány.

Krom jiných byl zrušen pokyn D-144 o stanovení lhůt pro uzavření vytýkacího řízení a dále pokyn č. D-308 o stanovení lhůt v daňovém řízení.

Pokyn č. D-308 byl nahrazen pokynem D-348 o stanovení lhůt při správě daní, který řeší lhůty pro vyřízení podání osob zúčastněných na správě daní obdobným způsobem jako zrušený pokyn D-308.

Stejně jako ve zrušeném pokynu D-308 jsou pro vyřízení jednotlivých typů podání stanoveny lhůty 6 a 3 měsíců a lhůta 30 dnů.

Lhůty stanovené pokynem se počítají ode dne doručení podání osoby zúčastněné na řízení správnímu orgánu. Běh lhůty se staví po dobu ode dne vydání rozhodnutí podle § 34 daňového řádu (výzva k součinnosti) do dne obdržení odpovědi správcem daně, stejně tak se lhůta staví po dobu dožádání podle § 17 daňového řádu.

Pokyn dále stanoví možnost prodloužení lhůty o jeden měsíc v případě, že osoba zúčastněná na správě daní doplní své podání a toto doplnění je správci daně doručeno jeden měsíc a méně před uplynutím lhůty pro vyřízení podání. Dále jako v předchozím pokynu je i v pokynu D-348 upravena možnost nadřízeného orgánu lhůty v odůvodněných případech prodlužovat.

Pokyn D-348 obsahuje přechodná ustanovení, která říkají, že lhůty stanovené tímto pokynem se použijí u všech daňových řízení zahájených po 1.1.2011 a u neukončených daňových řízeních zahájených přede dnem 1.1.2011, u kterých se postupovalo podle pokynu D-308. Neukončená řízení, pro která není v pokynu D-348 stanovena lhůta, protože daňový řád tyto instituty neupravuje a u nichž lhůty upravoval pokyn D-308, budou vyřízena ve lhůtách podle pokynu D-308 s tím, že běh lhůt bude stavěn a prodlužován podle pokynu D-348.    

Příklad lhůt stanovených podle pokynu D-348

6 měsíců

a) pro vydání rozhodnutí o odvolání dle ustanovení § 116 odst. 1 daňového řádu s výjimkou případů uvedených v bodu 2 písm. e),

b) pro vydání rozhodnutí o povolení obnovy řízení nebo rozhodnutí o zamítnutí obnovy řízení dle ustanovení § 119 odst. 1 daňového řádu,

c) pro vydání rozhodnutí ve věci obnovy řízení dle ustanovení § 120 daňového řádu,

d) pro vydání rozhodnutí o závazném posouzení dle ustanovení § 132 odst. 1 daňového řádu za podmínek vymezených ve zvláštním zákoně, pokud zvláštní zákon nestanoví jinak,

e) pro vydání rozhodnutí o prominutí daně nebo příslušenství daně dle ustanovení § 259 daňového řádu, pokud pravomoc k prominutí stanoví zákon, s výjimkou případů, ve kterých je oprávněn rozhodnout ministr financí.

3 měsíce

a) pro vydání rozhodnutí o vyloučení úřední osoby dle ustanovení § 77 daňového řádu,

b) pro vydání rozhodnutí o odvolání dle ustanovení § 113 odst. 1 daňového řádu ve spojení s ustanovením § 116 odst. 3 daňového řádu,

c) pro vydání rozhodnutí o odvolání dle ustanovení § 113 odst. 1 písm. a) a b) daňového řádu,

30 dnů

a) pro vydání rozhodnutí o navrácení lhůty v předešlý stav dle ustanovení § 37 odst. 2 daňového řádu,

b) pro vydání rozhodnutí o vyslovení neúčinnosti doručení dle ustanovení § 48 odst. 3 daňového řádu,

c) pro vydání rozhodnutí o opravě zřejmých nesprávností dle ustanovení § 104 odst. 1 daňového řádu,

d) pro vydání rozhodnutí o stížnosti na postup plátce daně dle ustanovení § 237 odst. 4 daňového řádu,

Zrušený pokyn D-144 o stanovení lhůt pro uzavření vytýkacího řízení nahrazen nebyl. Důvod může být ten, že úprava postupu k odstranění pochybností předpokládá,  že správce v souladu se základními zásadami správy daní prověří své konkrétní pochybnosti rychle a v případě, že jeho pochybnosti budou stále trvat, zahájí v jejich rozsahu daňovou kontrolu v souladu s § 90 daňového řádu. Pokud tak správce daně neučiní má osoba zúčastněná na správě daní možnost využít institut ochrany před nečinností podle § 38 daňového řádu, případně podat stížnost podle § 261 daňového řádu.

Jakým směrem bude směřovat praktická aplikace pokynu D-348 a postup správce daně v rámci postupu k odstranění pochybností, ukáže čas.