Sankční systém kontrolního hlášení čelí kritice již od svého počátku. Původně bylo stanoveno 10 důvodů s konkrétními procenty, kolik lze z pokuty odpustit. Dle statistiky byla do konce minulého roku odpuštěna ale pouze jedna pokuta (ani ne v plné výši). V březnu tohoto roku proto GFŘ pokyn upravilo a uvedlo dalších 7 ospravedlnitelných důvodů, použitelných zejména pro plátce s desetitisícovou pokutou.

Ze statistiky ke dni 6.11.2017 vyplývá, že úprava sankčního systému pomohla. Z celkového počtu 17 503 pokut bylo rozhodnuto o prominutí u 5 075 žádostí. Plátci mohou požádat svého správce daně o prominutí dvou pokut za rok 2016 (bez ohledu na příčinu) a jedné pokuty za rok 2017. Převážná část nových ospravedlnitelných důvodů ovšem platí pouze u pochybení, ke kterým došlo v roce 2016 a 2017. Pokud se pokyn do konce roku nezmění, většina sankcí, ke kterým dojde od příštího roku, nepůjde odpouštět.

GFŘ potvrdilo, že nyní připravuje změnu metodického pokynu k promíjení pokut. Jeho znění by mělo být hotové do konce roku.