Nejvyšší správní soud (dále jen „NSS“) rozsudkem č. j. 1 Afs 10/2024-33 ze dne 9. dubna 2024 rozhodoval o otázce legitimního očekávání daňového poplatníka při změně správní praxe pro její rozpor se zákonem.

Skutkové okolnosti případu

V daném případě šlo o otázku běhu prekluzivní lhůty pro stanovení daně v situaci, kdy společnost podala v lednu a březnu 2020 dodatečná daňová přiznání k dani z příjmů právnických osob za zdaňovací období 2008, 2009 a 2010, ve kterých vykázala nižší daňovou ztrátu, resp. uplatnila odečet daňové ztráty z roku 2007. Společnost vykázala daňovou ztrátu i v letech 2011 až 2014. Podle tehdejší správní praxe vycházející z všeobecně používané metodiky Generálního finančního ředitelství (dále jen „GFŘ“) ohledně prodlužování prekluzivní lhůty dle § 38r zákona o daních z příjmů (dále jen „ZDP“) v případě tzv. řetězení ztrát[1], společnost předpokládala, že lhůta pro stanovení daně za zdaňovací období let 2008 až 2010 se odvíjí od lhůty pro stanovení daně za zdaňovací období roku 2014 a měla uplynout dne 1. 7. 2023.

Správce daně v lednu 2021 řízení ve věci dodatečných daňových přiznání zastavil. Důvodem bylo jejich podání po uplynutí lhůty pro stanovení daně. Správce daně přitom vycházel z nového a přelomového rozsudku NSS ve věci Heidrive ze dne 13. 5. 2020[2], v němž NSS výslovně označil dosavadní zavedenou správní praxi spočívající v tzv. řetězení ztrát za nezákonnou. Tento průlomový rozsudek NSS jsme rozebírali v našem článku. Následovaly další rozsudky NSS, na základě kterých finanční správa v listopadu 2020 vydala informaci o nové správní praxi[3]  respektující maximální desetiletou lhůtu pro stanovení daně i v případě daňových ztrát.

Společnost se proti rozhodnutí o zastavení řízení bránila žalobou u Městského soudu v Praze a byla úspěšná. Dle závěru soudu měl správce daně dokončit řízení o dodatečných daňových přiznáních společnosti podle správní praxe uplatňované orgány finanční správy v době před vydáním rozsudku NSS, věc Heidrive.

NSS pak závěr Městského soudu v Praze potvrdil.

Ochrana legitimního očekávání podle NSS

Ačkoliv podle judikatury kasačního soudu postup správních orgánů, který je v rozporu se zákonem, v zásadě nezakládá legitimní očekávání, je třeba zkoumat, zda tato správní praxe (byť později shledána jako rozpornou se zákonem) vzbudila v žalobci očekávání, které bylo hodno ochrany.

V daném případě to byla metodika GFŘ z roku 2016, neboť: „v posuzované věci existovala ustálená správní praxe, o které žalobce věděl a v důvěře v postup daňových orgánů v souladu s touto praxí (tj. v příčinné souvislosti s ustálenou praxí) učinil svá podání – dodatečná daňová přiznání za zdaňovací období let 2008 až 2010. Je přitom podstatné, že tak učinil několik měsíců před vydáním rozsudku Nejvyššího správní soudu ve věci Heidrive, tedy v době, kdy nemohl předpokládat, že dojde k zapovězení této správní praxe. Pro úplnost lze podotknout, že rozpor předešlé správní praxe finanční správy se zákonem nebyl natolik zjevný; jednalo se o setrvalý výklad zákona zastávaný daňovými orgány, který až posléze Nejvyšší správní soud shledal nesprávným.“

NSS uzavřel, že dosavadní správní praxe založila u žalobce legitimní očekávání a správce daně měl podle této správní praxe postupovat, bez ohledu na její nezákonnost, neboť princip legitimního očekávání převážil v tomto případě princip zákonnosti.

[1] Metodická pomůcka Generálního finančního ředitelství č. j. 19513/16/7100‑10111‑010509 ze dne 8. 6. 2016.

[2] Rozsudek NSS č.j. 8 Afs 58/2019-48 ze dne 13. 5. 2020 (Sbírka rozhodnutí 7/2020 č. 4023/2020 Sb. NSS) ve věci společnosti Heidrive, s.r.o. zrušil napadený rozsudek Krajského soudu v Plzni z důvodu, že jím provedený výklad ust. § 38r odst. 2 zákona o daních z příjmů umožňující tzv. řetězení daňových ztrát, nerespektoval smysl ani text zákona a nepřiměřeně zasahoval do právní jistoty daňových subjektů.

[3] „INFORMACE k určení lhůty pro stanovení daně (prekluzivní lhůty) při vykazování a uplatňování daňové ztráty a posuzování běhu této lhůty a změny jejího běhu v návaznosti na rozsudky Nejvyššího správního soudu“ č.j. 66358/20/7100-40110-207203 ze dne 25. 11. 2020.