Nejvyšší správní soud v nedávném rozsudku dovodil, že správce daně v daném případě nezákonně zahájil daňovou kontrolu. Jednalo se o případ, kdy správce daně provedl u daňového subjektu místní šetření na DPH a následně daňovou kontrolu, a to za vybraná zdaňovací období (měsíce) let 2011 až 2014. Předmětem sporu bylo to, že správce daně u tohoto daňového subjektu již v některých zdaňovacích obdobích daňovou kontrolu provedl a daňový subjekt se neztotožnil s postupem správce daně, který zahájil daňovou kontrolu na zbývající měsíce těchto let, aniž by nejprve vydal výzvu k podání dodatečného daňového přiznání.

Nejvyšší správní soud rozhodl, že šlo o nezákonný zásah a správce daně měl před zahájením daňové kontroly nejprve vydat výzvu podle § 145 odst. 2 daňového řádu, protože mohl důvodně předpokládat, že dojde k doměření daně. Dle soudu bylo totiž z vymezení daňové kontroly a místního šetření patrné, že jejich předmětem byla stejná daň i stejná činnost daňového subjektu, pouze v jiném zdaňovacím období, přičemž v návaznosti na první kontrolu k doměření daně již došlo. Pro vydání výzvy totiž dle soudu není rozhodné, zda má správce daně jistotu, že bude daň doměřena, případně v jaké výši, ale postačuje, že lze doměření daně předpokládat. Dále dodal, že mezi postupy správce daně existuje jistá hierarchie v míře komplexnosti a intenzitě zásahu do sféry daňového subjektu, přičemž daňová kontrola je tím nejsilnějším a nejkomplexnějším prostředkem, který s sebou nese i následné předepsání penále. Nejvyšší správní soud zde také oproti názoru finanční správy zdůrazňuje, že předepsání penále není v zákonem stanovených případech na správním uvážení správce daně, ale jeho povinností.