Společnosti provozující svoji ekonomickou činnost v České republice mají v průběhu roku řadu zákonných povinností. Některé z nich to mají s vykazováním a dalšími povinnostmi ještě složitější, pokud patří do skupiny společností nebo pokud zastávají pozici mateřské společnosti. Jednou z oblastí, kterou by mateřské společnosti neměly opomíjet, je sledování výše režijních (nepřímých) nákladů souvisejících s držbou podílu v dceřiné společnosti. Důvodem je povinnost mateřské společnosti posoudit náklady (výdaje) související s držbou podílu v dceřiné společnosti, v rámci přípravy daňového přiznání k dani z příjmů právnických osob, jako náklady daňově neuznatelné v souladu s ustanovením § 25 odst. 1 písm. zk) zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů.

Pro účely tohoto ustanovení se případné režijní (nepřímé) náklady související s držbou podílu v dceřiné společnosti omezují výší 5 % příjmů z podílů na zisku vyplácených dceřinou společností, pokud společnost neprokáže, že skutečná výše těchto režijních (nepřímých) nákladů je nižší. V této souvislosti si dovolujeme upozornit, že dle zmíněného ustanovení je právě společnost osobou, která musí prokázat skutečnou výši režijních (nepřímých) nákladů a také hodnověrným způsobem předmětné náklady identifikovat, vyčíslit a opřít je o příslušné podklady, nikoliv správce daně.

Tuto skutečnost také potvrdil ve svém rozhodnutí Nejvyšší správní soud České republiky (dále také jako „NSS“), č. j.: 3 Afs 170/2019 – 27 ze dne 11. ledna 2021, ve kterém se mimo jiné zabýval otázkou prokazatelnosti skutečné výše režijních (nepřímých) nákladů spojených s držbou podílu v dceřiné společnosti. NSS ve svém odůvodnění uvádí následující:

• „Zákon tedy stanoví v zásadě dvě možnosti: buď (a) daňový subjekt prokáže skutečnou výši režijních nákladů, anebo (b) (pokud ji neprokáže) tyto náklady budou stanoveny paušálně ve výši 5 % příjmů z podílů na zisku vyplácených dceřinou společností. V druhé uvedené situaci již daňový subjekt skutečnou výši režijních nákladů neprokazuje.“
• „Nejvyšší správní soud z textu tabulky předložené stěžovatelkou (pozn.: tabulka s výpočtem výše režijních nákladů předložená daňovým subjektem) ověřil, že z ní nevyplývají ani ekonomické důvody, které ji k určení této částky vedly, ani další důkazy, jež by prokázání režijních nákladů v této výši osvědčily. Ostatně tabulku předloženou stěžovatelkou, nelze označit ani za „výpočet“ v tom ohledu, že z tabulky je sice zřejmý výsledek výpočtu, avšak jeho jednotlivé kroky z tabulky nejsou patrné.“
• „Nelze zde oddělovat povinnost tvrzení („výpočtu“) skutečných režijních nákladů od povinnosti k tomu dodat příslušné důkazní prostředky. Povinnost „prokázat“ v sobě totiž nerozlučně spojuje oba prvky.“
• „Nad rámec nezbytného Nejvyšší správní soud přisvědčuje krajskému soudu, jenž v napadeném rozsudku vyjádřil určité pochopení pro praktická úskalí, která obecně prokazování skutečných režijních nákladů spojených s držbou podílu v dceřiné společnosti pro daňové subjekty skýtá. Uvedl, že si je vědom „složitosti a mnohdy až nereálnosti přesného prokázání výše režijních nákladů, neboť to vyžaduje a klade vysoké nároky na daňové subjekty stran požadavku na pregnantní zdokladování a rozklíčování jednotlivých nákladů ve vztahu k mateřské a dceřiné společnosti“. I Nejvyšší správní soud sdílí tento názor a dodává, že z podstaty věci nebude možné vyčíslit absolutně přesnou hodnotu skutečných režijních nákladů, ale bude zpravidla třeba vytvořit určitý rozumný algoritmus jejich výpočtu. Ten však musí reflektovat veškeré náklady vztahující se k podpůrným organizačním procesům, které souvisejí s držbou podílu v dceřiné společnosti.“
• „Nejvyšší správní soud se ovšem již rozchází s krajským soudem v hodnocení, že zákonem určenou pětiprocentní paušální sazbu nákladů lze „jistě považovat za stále ještě rozumnou“ - „rozumnost“ takto stanovené sazby bude totiž vždy záviset na konkrétních okolnostech a může nezřídka nastat situace, že tato sazba bude řádově vyšší (a tedy vlastně „nerozumná“), než náklady skutečné. Je pak ovšem odpovědností daňového subjektu, aby tyto náklady řádně vyčíslil a prokázal a vyhnul se tak aplikaci paušální sazby.“

 V návaznosti na výše uvedené lze shrnout, že dostatek důkazních prostředků a řádné vyčíslení nákladů mateřské společnosti souvisejících s držbou podílu v dceřiné společnosti by měly být důležitou součástí evidence mateřské společnosti v případě, že se rozhodně nestanovit tyto náklady („paušálně“) ve výši 5 % příjmů z podílů na zisku vyplácených dceřinou společností. V opačném případě se společnost vystavuje vysokému riziku doměření daně ze strany správce daně.