Soudní dvůr Evropské unie rozhodoval v případu Morgan Stanley & Co International o posuzování nároku na odpočet DPH z plnění přijatých pobočkou investiční banky ve Francii, která přijímala plnění určená i pro potřeby zřizovatele ve Velké Británii. Tato pobočka využila možnost zdanění služeb ve Francii a služby poskytované ve Velké Británii byly osvobozeny od DPH bez nároku na odpočet.

Ve francouzské pobočce byly provedeny dvě kontroly účetnictví, které se týkaly DPH, při nichž bylo zjištěno uskutečnění bankovních a finančních operací pro své místní klienty, v jejichž případě si zvolila postavení osoby povinné k DPH, a na straně druhé poskytla služby ústředí nacházejícímu se ve Velké Británii. Tato pobočka provedla plný odpočet DPH, jež byla uhrazena z výdajů na tyto dvě kategorie plnění. Francouzská pobočka tak uplatnila plný nárok na odpočet DPH z daných plnění, neboť se domnívala, že z části poskytuje zdanitelné plnění svým zákazníkům a z části plnění s nárokem na odpočet vůči svému zřizovateli.

Dle názoru francouzského správce daně, který zamítl nárok na odpočet, se jednalo pouze o interní operace prováděné s ústředím ve Velké Británii a nemůže zakládat nárok na odpočet, protože tato plnění nespadají do oblasti DPH. Jako zmírnění dopadů připustil správce daně odpočet části daně na základě uplatnění odpočitatelného podílu připadajícího na ústředí s výhradou vynětí nároku na odpočet platných ve Francii. Daňový správce se domníval, že smíšené výdaje této pobočky připadající na plnění jak s ústředím, tak i s klienty, jsou odpočitatelné jen částečně, a uplatnil pouze podíl připadající na uvedené ústředí upravený o obrat francouzské pobočky, u něhož je dán nárok na odpočet.

Vzhledem k těmto opravám vydal správce daně dodatečné platební výměry DPH vůči společnosti Morgan Stanley.

Celá záležitost byla následně řešena u Soudního dvoru Evropské unie. Ten ve svém rozsudku ze dne 24. ledna 2019 potvrdil názor francouzského správce daně, že pobočku a zřizovatele je třeba v tomto případě považovat za jedinou osobu povinnou k dani, takže se mezi nimi nemůže uskutečňovat plnění s nárokem na odpočet, ale současně uplatněný nárok na odpočet tento soud nezamítl.

Dle Soudního dvoru Evropské unie při posuzování nároku na odpočet DPH u plnění použitých zřizovatelem je třeba zohlednit režim DPH, který by se uplatnil u plnění na výstupu poskytnutých ve Francii. Pobočka si již dříve zvolila možnost zdaňování svých služeb ve Francii, tzn. zůstane jí plný nárok na odpočet i v případě, že přijaté plnění bylo z části poskytnuté v jiném členském státě EU, které je osvobozeno bez nároku na odpočet.