Účelem provádění daňové kontroly ze strany správce daně je prověření správnosti daňové povinnosti.

Správce daně je podle ustanovení § 85 odst. 3 Daňového řádu povinen prověřovat správnost daňové povinnosti daňovou kontrolou ve vymezeném rozsahu. Rozsah daňové kontroly lze v jejím průběhu upřesnit postupem pro její zahájení.

To znamená, že rozsah daňové kontroly může být uveden například takto:

• kontrola tvorby rezerv na opravy majetku, na dani z příjmů právnických osob za zdaňovací období 2009

Vymezený rozsah daňové kontroly však umožňuje správci daně již zahájenou daňovou kontrolu dále upřesnit nebo rozšířit.

Toto se provádí projednáním s daňovým subjektem do protokolu o ústním jednání.

Upřesnění rozsahu daňové kontroly  - nutné upozornit na skutečnost, že  správce daně nezahajuje další daňovou kontrolu, ale týká se kontroly daně a období již zahájeného. Upřesnění rozsahu daňové kontroly by například vypadalo takto: kontrola oprávněnosti tvorby rezervy na opravy  nemovitosti v ulici Soukenická č.p. 1, Praha 1.

K upřesnění rozsahu daňové kontroly je dobré podotknout, že sepsáním protokolu nedochází k prodloužení tříleté prekluzivní lhůty. Nová tříletá prekluzivní lhůta běží pouze od zahájení daňové kontroly.

Rozšíření stávající daňové kontroly – jedná se o zahájení daňové kontroly pro další daňová řízení, to znamená rozšíření původně zahájené kontroly na jiné daně, popř. jiná období.

Další problematickou oblastí je možnost opakování daňové kontroly.

Možnost opakování daňové kontroly za období platnosti zákona o správě daní a poplatků prošlo několika soudními spory a jejich výsledky omezily možnosti správce daně. V Daňovém řádu i kdy již zákon o správě daní a poplatků není účinný je zapracována tato problematika a v tom smyslu, že v případě dobré formulace předmětu a rozsahu daňové kontroly může správce daně provádět daňovou kontrolu buď mimo rozsah předchozí daňové kontroly nebo ve stejném rozsahu, ale za níže uvedených podmínek:

• nutnost zjištění nových skutečností nebo důkazů (bez zavinění správce daně), které nemohly být uplatněny v původní daňové kontrole a zakládají pochybnost o správnosti, průkaznosti nebo úplnosti dosud stanovené daně nebo tvrzení daňového subjektu. V tomto případě lze daňovou kontrolu opakovat pouze v rozsahu, který odpovídá nově zjištěným skutečnostem nebo důkazům.
• ze strany daňového subjektu je učiněn úkon, který mění svá dosavadní tvrzení. Opakovat daňovou kontrolu lze v tomto případě pouze v rozsahu odpovídající změně dosavadního tvrzení daňového subjektu.

S důvody opakování daňové kontroly je správce daně povinen daňový subjekt seznámit při jejím zahájení  (viz. ustanovení § 85 odst. 6 Daňového řádu).

Závěrem lze tedy říci, že Daňový řád sice  stanoví povinnost při zahájení daňové kontroly rozsah daňové kontroly vymezit, nicméně v jejím průběhu však může dojít k jejímu upřesnění nebo rozšíření.

Daňový řád vymezuje případy, kdy lze daňovou kontrolu opakovat a jedná se o případy, kdy vyvstaly nové skutečnosti než které  správce daně již prověřoval, ať již zjištěné  ze strany správce daně nebo ze strany daňového subjektu, které zjistí sám a správci daně je sdělí formou dodatečného tvrzení (přiznání).