Rozšířený senát Nejvyššího správního soudu (NSS) se v nedávném usnesení č. j. 1 Afs 231/2022-44 zabýval otázkou prekluzivní lhůty pro stanovení daně. Konkrétně se NSS vyjádřil k následujícím otázkám:

1. k postupu za situace, že finanční úřad nevyměří daňovou povinnost v souladu s údaji v něm uvedenými, ale přistoupí k jejímu prověřování (formou postupu k odstranění pochybností nebo daňové kontroly) a nestihne daň pravomocně vyměřit (doměřit) v rámci prekluzivní lhůty;
2. k situaci, kdy je dodatečné daňové přiznání podáno v posledních 12 měsících před uplynutím 10leté lhůty pro stanovení daně.

Ad i)  

Jak postupovat v případě, že kontrolní postupy nevedou k pravomocnému stanovení daně na základě podaného daňového přiznání v prekluzivní lhůtě

Rozšířený senát NSS shledal zásadní odlišnost oproti posuzování této situace v době, kdy platil předchozí procesní právní předpis – zákon o správě daní a poplatků. Za účinnosti tohoto právního předpisu se k řešené situaci vyjádřil Ústavní soud v nálezu sp. zn. I. ÚS 3244/09, kdy konstatoval: „pokud vytýkací řízení neskončilo zákonem předpokládaným a žádoucím způsobem, tedy stanovením daňové povinnosti, a to z důvodu, že uplynula prekluzivní lhůta k vyměření daně, pak je nastolena situace, jako by vytýkací řízení vůbec neproběhlo, neboť nemá žádné účinky na daňovou povinnost daňového subjektu. Nic tak nebrání tomu, použít za dané procesní situace ustanovení § 46 odst. 5 zákona č. 337/1992 Sb., ostatně jiný způsob vyměření daňové povinnosti zákon v takovém případě ani neumožňuje.“ Za účinnosti zákona o správě daní a poplatků tedy pokud nebyla daň pravomocně stanovena v prekluzivní lhůtě, došlo ke konkludentnímu vyměření daně.

Rozšířený senát NSS v usnesení vyargumentoval, že za účinnosti daňového řádu nelze závěry Ústavního soudu aplikovat, neboť daňový řád neumožňuje vyměření daně automaticky, konkludentně či fikcí. I za situace, kdy se vyměřená daň shoduje s údaji v daňovém přiznání, musí být vyměřeno platebním výměrem, který se nedoručuje a zakládá se do spisu. Rozšířený senát proto dospěl k závěru, že za účinnosti daňového řádu je v této situaci nezbytné vyměřovací/doměřovací řízení zastavit z důvodu uplynutí prekluzivní lhůty pro stanovení daně.

„Jestliže postup k odstranění pochybností (daňová kontrola) nevede ke svému cíli ve lhůtě pro stanovení daně, a neskončí proto zákonem předpokládaným a žádoucím způsobem, tedy pravomocným stanovením daně, nelze po uplynutí prekluzivní lhůty daňovému subjektu daň v rámci daňového řízení stanovit.“

Rozšířený senát dále konstatoval, že pokud bude daňovému subjektu v důsledku neukončených kontrolních postupů zastaveno vyměřovací/doměřovací řízení a způsobena újma, spočívající v nevyměření tvrzené daně (zpravidla nadměrného odpočtu na DPH nebo nižší daně než poslední známá daň), nemá již v oblasti daňového práva daňový subjekt žádné prostředky nápravy.

Náhrady této újmy se může daňový subjekt domáhat dle zákona č. 82/1998 Sb., o odpovědnosti za škodu způsobenou při výkonu veřejné moci rozhodnutím nebo nesprávným úředním postupem.

Ad ii)

Dodatečné daňové přiznání podané na konci desetileté prekluzivní lhůty

Rozšířený senát dále řešil situaci, kdy daňový subjekt podá dodatečné daňové přiznání těsně před koncem maximální desetileté prekluzivní lhůty, tudíž by finanční úřad neměl časový prostor prověřit jeho správnost. NSS dospěl k závěru o analogickém užití ust. § 148 odst. 2 písm. a) daňového řádu, tedy, že:

„lhůta pro stanovení daně dle ust. § 148 odst. 5 zákona č. 280/2009 Sb., daňového řádu, se prodlužuje o 1 rok, pokud v posledních 12 měsících před uplynutím této lhůty došlo k podání dodatečného daňového přiznání.“

Současně pak rozšířený senát konstatoval, že daňové orgány mohou v takto prodloužené lhůtě provádět kontrolní postupy, které se nemusí omezovat pouze na důvody, které vedly daňový subjekt k podání dodatečného daňového tvrzení. Nicméně s ohledem na zákaz analogie v neprospěch daňového subjektu výsledná daň stanovená na základě takto podaného dodatečného daňového přiznání nemůže být vyšší než poslední známá daň.