S účinností od 1. 1. 2021 došlo k novele zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „daňový řád“), přičemž jednou ze zásadních změn je změna v právní úpravě úroků, a to jak úroků, jež hradí daňový subjekt tak i úroků, jež hradí správce daně. Výše všech těchto úroků je odvozena od výše úroku z prodlení, jež je povinen hradit daňový subjekt v případě, že se dostane do prodlení s platbou splatné daně. Do 31. 12. 2020 byl úrok z prodlení upraven v ust. § 252 daňového řádu, účinného do 31. 12. 2020, nová právní úprava úroku z prodlení zůstala v ust. § 252 daňového řádu, účinného od 1. 1. 2021, ve spojení se zcela novým ustanovením § 251a a § 251b tohoto zákona.

Za účelem objasnění způsobu určení výše úroku jakož i samotné konstrukce výpočtu úroku z prodlení vydalo Ministerstvo financí Pokyn č. MF-18, který byl zveřejněn dne 22. 4. 2021 ve Finančním zpravodaji (dále jen „Pokyn“).

Podle daňového řádu, účinného do 31. 12. 2020, byla výše úroku z prodlení stanovena následovně:

„Výše úroku z prodlení odpovídá ročně výši repo sazby stanovené Českou národní bankou, zvýšené o 14 procentních bodů, platné pro první den příslušného kalendářního pololetí.“

Z přechodných ustanovení novely (zákon č. 283/2020 Sb.) vyplývá, že tento úrok, u něhož podmínky pro jeho vznik trvají ke dni 1. 1. 2021 (tj. trvá i nadále prodlení vzniklé před účinností nové právní úpravy, z něhož vzniká úrok) se uplatní do 31. 12. 2020, v období od 1. 1. 2021 se uplatní úrok již v nově stanovené výši, a to až do dne úhrady předmětné daně.  

Podle daňového řádu, účinného od 1. 1. 2021 „Výše úroku z prodlení odpovídá výši úroku z prodlení podle občanského zákoníku“. Podle občanského zákoníku platí, že neujednají-li si strany výši úroku z prodlení, považuje se za ujednanou výše stanovená nařízením vlády. Tímto nařízením vlády je nařízení č. 351/2013 Sb., dle jehož ust. § 2 je výše úroku z prodlení následující:

„Výše úroku z prodlení odpovídá ročně výši repo sazby stanovené Českou národní bankou pro první den kalendářního pololetí, v němž došlo k prodlení, zvýšené o 8 procentních bodů.“

Je zřejmé, že s účinností od 1. 1. 2021 došlo ke snížení výše úroku z prodlení hrazeného daňový subjektem, a to z původní výše odpovídající ročně výši repo sazby stanovené Českou národní bankou zvýšené o 14 procentních bodů, na výši odpovídající této repo sazbě zvýšené jen o 8 procentních bodů.

Dále prostým porovnáním těchto dvou právních úprav by se mohlo zdát, že od 1. 1. 2021 došlo i ke změně konstrukce výpočtu úroku z prodlení, neboť právní úprava daňového řádu, účinného do 31. 12. 2020, reflektovala skutečnost, že se repo sazba stanovená Českou národní bankou může v průběhu trvání prodlení měnit, kdežto  občanskoprávní úprava počítá s neměnnou výší úroku po celou dobu trvání prodlení. Ve skutečnosti však ke změně v konstrukci úroku z prodlení nedochází, jak upozorňuje Pokyn.

Podle Pokynu je třeba vzít v úvahu specifika úpravy úroku z prodlení v daňovém řádu, která v tomto ohledu představuje úpravu speciální. Dále je třeba respektovat, že řada pravidel týkajících se konstrukce výpočtu, resp. správy úroku z prodlení je společná pro všechny úroky podle daňového řádu, jak úroky hrazené daňovým subjektem (kromě úroku z prodlení i úrok z posečkané částky), tak hrazené správcem daně (úrok z vratitelného přeplatku, úrok z nesprávně stanovené daně, úrok z daňového odpočtu). V případě jiných úroků podle daňového řádu než je úrok z prodlení, nehraje stav „prodlení“ žádnou roli, ale vznik daných úroků je odvozen od jiných skutečností. Podle daňového řádu úroky vznikají a jsou počítány vždy za jednotlivý den, proto také citované ust. § 2 nařízení vlády musí být aplikováno za každý jednotlivý den. Logickým důsledkem toho je podle Pokynu skutečnost, že relevantní výše repo sazby stanovené Českou národní bankou musí být vždy posouzena k prvnímu dni kalendářního pololetí, do něhož spadá den vzniku úroku, za který je úrok počítán. Nařízení vlády je pak třeba podle Pokynu vyložit takto:

„Výše úroku z prodlení odpovídá ročně výši repo sazby stanovené Českou národní bankou pro první den kalendářního pololetí, v němž došlo k „jeho vzniku“ (namísto slova „prodlení“), zvýšené o 8 procentních bodů.“

Lze tedy uzavřít, že ve světle Pokynu Ministerstva financí se konstrukce výše úroku z prodlení dle daňového řádu od 1. 1. 2021 nemění, pouze se mění výše sazby tohoto úroku. Výše úroku z prodlení se bude odvíjet od dvoutýdenní repo sazby vyhlašované Českou národní bankou, zvýšené o osm procentních bodů (nikoliv už o 14 procentních bodů, jak tomu bylo do 31. 12. 2020), přičemž k případné změně sazby dochází i nadále vždy v závislosti na případné změně repo sazby v první den příslušného kalendářního pololetí po dobu trvání prodlení s úhradou konkrétní daně.