Zápis do evidence skutečných majitelů provádí soud nebo notář. Návrh na zápis podává zpravidla evidující osoba, respektive osoby oprávněné za ní jednat. Nepodá-li však evidující osoba návrh na zápis do 15 dnů ode dne, kdy jí povinnost vznikla, může návrh na zápis podat každý, kdo na něm osvědčí právní zájem. Návrh na zápis se podává v elektronické podobě. Návrh na zápis u jiné než obchodní korporace nebo právního uspořádání lze podat také v listinné podobě.

Návrh na zápis musí být doložen písemnostmi o skutečnostech, které mají být do evidence skutečných majitelů zapsány, ledaže jsou údaje o zapisovaných skutečnostech zjistitelné z informačního systému veřejné správy, do kterého může soud dálkovým přístupem nahlížet (veřejné rejstříky). Tyto písemnosti tak budou dvojího typu:

1. Písemností dokládající totožnost zahraniční fyzické osoby, kterými jsou zejména výpis ze zahraniční evidence obdobné evidenci obyvatel, výpis ze zahraniční evidence obdobné veřejnému rejstříku nebo evidenci skutečných majitelů, nebo doklad totožnosti nebo cestovní doklad.
2. Písemností dokládající postavení skutečného majitele nebo strukturu vztahů, kterými jsou zejména:

1. výpis z veřejného rejstříku nebo ze zahraniční evidence obdobné veřejnému rejstříku nebo evidenci skutečných majitelů,
2. zakladatelské právní jednání,
3. seznam společníků,
4. rozhodnutí orgánu o vyplacení podílu na prospěchu,
5. prohlášení společníků o jednání ve shodě,
6. prohlášení evidující osoby nebo skutečného majitele o postavení skutečného majitele nebo struktuře vztahů, jsou-li založeny na právní skutečnosti, kterou nelze doložit ani při vynaložení veškerého úsilí, které lze rozumně požadovat,
7. prohlášení evidující osoby nebo skutečného majitele o postavení skutečného majitele nebo struktuře vztahů, nejsou-li založeny na právní skutečnosti.

Veškeré dokumenty se dokládají zpravidla v elektronické formě, přičemž postačí dodat prosté kopie bez vyššího ověření.

Evidující osoba má povinnost zajistit, aby údaje o jejím skutečném majiteli odpovídaly skutečnosti. Návrh na zápis údajů pak musí evidující osoba podat bez zbytečného odkladu po vzniku rozhodné skutečnosti. Skutečný majitel má současně povinnost za tímto účelem poskytnout evidující osobě součinnost. Aktualizace zapsaných údajů lze zajistit třemi způsoby. Zápisem soudu, zápisem notářem, nebo tzv. automatickým průpisem. 

Do evidence skutečného majitelů se automaticky propíšou údaje o skutečném majiteli z veřejných rejstříků (za splnění předpokladů stanovených Zákonem). V případě společností s ručením omezeným se tak jako skutečný majitel propíše z obchodního rejstříku společník s podílem větším než 25 % nebo osoba, která je skutečným majitelem právnické osoby, která je společníkem s podílem větším než 25 % (za předpokladu, že jiný společník nebude vlastnit větší podíl). U akciové společnosti se jako skutečný majitel obdobně propíše jediný akcionář.

Automatický průpis však nezbavuje evidující osobu povinnosti kontroly aktuality údajů, a v případě, že by propsané údaje neodpovídaly skutečnosti, je povinna tento stav napravit.